【2026年版】ＳＥＳ契約の偽装請負とは？

社労士が徹底解説する指揮命令系統の実務対応と法改正のポイント

ＳＥＳ（システムエンジニアリングサービス）契約におけるエンジニアの労務管理や、現場でのマネジメント体制の構築において、どのような基準を設けるべきか検討されている企業経営者・人事労務担当者の方は多いのではないでしょうか。

働き方の多様化や関連法規の整備が進む中、従来通りの対応のままでは、意図せず法令の解釈と現場の実態にズレが生じてしまうケースが見受けられます。

この課題を根本から解決し、持続可能でクリーンな開発体制を構築するための鍵は、「指揮命令系統の完全な分離」にあります。

2026年現在、フリーランス新法の定着や、各種クラウドサービス・デジタルツールの普及に伴い、企業にはより透明性の高いコンプライアンス体制と内部監査の仕組みが求められています。
リモートワーク下におけるチャットでのやり取りなど、日常的なコミュニケーションのあり方が、法的な契約実態を判断する重要な客観的指標となっているためです。

本記事では、実務の最前線に立つ社会保険労務士の視点から、ＳＥＳ契約に関する最新の法的根拠を整理し、企業とエンジニアの双方が安心して業務に専念できる適正な運用フローについて、論理的かつ分かりやすく徹底解説します。

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【目次】

第１章：なぜ今、企業で「ＳＥＳにおける指揮命令の適正化」が重要視されるのか？（背景と影響）
第２章：【2026年最新】「偽装請負」に関する法的枠組みの全体像と解釈
第３章：実務への影響を深掘り：企業が直面する３つの経営的課題
第４章：企業がとるべき具体的な実務対応（３つのステップ）
第５章：専門家が指摘する「アジャイル開発とテレワーク」における留意点
第６章：実務担当者が直面する７つの疑問（Ｑ＆Ａ）
まとめ：偽装請負対策は「指揮命令の分離マインドセット」が９割

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第１章：なぜ今、企業で「ＳＥＳにおける指揮命令の適正化」が重要視されるのか？（背景と影響）

ＳＥＳ契約における「偽装請負」への対応は、単なる現場のルール作りにとどまらず、企業の持続的な成長と人事労務管理の根幹に関わる重要な経営テーマです。
契約上は「準委任契約（または請負契約）」として業務を委託しているにもかかわらず、実態として発注元の企業が直接エンジニアに対して業務の指示出し（指揮命令）を行ってしまう状態を偽装請負と呼びます。

近年、企業に求められるガバナンスの水準は飛躍的に高まっており、ＩＴ業界特有の多重下請け構造や現場常駐型の働き方に対しても、労働局や労働基準監督署による確認が極めて丁寧に行われるようになっています。
かつては現場の裁量や、プロジェクトを円滑に進めるための「阿吽の呼吸」として許容されがちだったプロパー社員（正社員）と同様の直接指示は、現在の厳格なコンプライアンス基準に照らし合わせると、明確な是正の対象となります。

とりわけ現代では、クラウド型タスク管理ツールやビジネスチャットがインフラ化したことで、発注元の社員がＳＥＳエンジニアに対して直接細かな業務指示を行ったり、オンライン上のログで出退勤の管理を行ったりする事例が多く見受けられます。
このような状態を放置すると、指示系統の混乱により責任の所在が曖昧になります。
結果として、エンジニアの業務負荷が不当に増大するだけでなく、受注企業側（ＳＥＳ企業）が行うべき適正な人員配置や人事異動、キャリア形成の支援といった人事労務機能が完全に麻痺してしまうという深刻な課題を引き起こします。

だからこそ、経営層や人事労務担当者が率先してＳＥＳ契約の正しい基準を社内に浸透させ、明確な指揮命令系統の確立を図ることが求められています。
適正な体制構築は、法的要件を満たすだけでなく、結果的にプロジェクトの生産性向上や、エンジニアの心理的安全性・モチベーション維持にも大きく寄与するのです。

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第２章：【2026年最新】「偽装請負」に関する法的枠組みの全体像と解釈

トラブルを未然に防ぎ、自社のコンプライアンス体制の正当性を対外的に証明するためには、2026年現在の最新の法令や通達に基づいた「客観的な業務遂行体制」を構築することが不可欠です。
契約書の表題を「準委任契約」とするだけでは全く不十分であり、日々の業務実態が伴っているかどうかが最も重視されます。

偽装請負が問題となる法的根拠の筆頭は、職業安定法第44条における「労働者供給事業の禁止」および労働者派遣法違反です。
実態として労働者派遣と同様の指揮命令を行っているにもかかわらず、派遣法に基づく許可や手続きを経ていない場合、これらの法律に抵触することになります。

職業安定法 第44条（労働者供給事業の禁止）の概要
何人も、労働組合等が厚生労働大臣の許可を受けて行う場合等を除き、労働者供給事業を行い、又はその労働者供給事業を行う者から供給される労働者を自らの指揮命令の下に労働させてはならないと規定されています。

偽装請負か否かを判断するための極めて重要な基準となるのが、「労働者派遣事業と請負により行われる事業との区分に関する基準（労働省告示第37号）」です。
この基準では、以下のすべての要件を満たさなければ、適法な業務委託（請負・準委任）とは認められないと明記されています。

• 業務の遂行に関する指示
  労働者に対する業務の遂行方法に関する指示、業務の評価などを受注側（ＳＥＳ企業）が自ら行っていること。（発注元が行ってはならない）
• 労働時間の管理
  労働者の始業・終業時刻、休憩時間、休日、休暇等に関する指示や勤怠管理を受注側が自ら行っていること。（発注元が行ってはならない）
• 秩序の維持
  労働者の服務上の規律に関する指示、身元保証や労働環境の維持を受注側が自ら行っていること。
• 事業の独立性
  資金手当、機材の調達、専門的技術・経験に基づく業務処理など、独立した事業者として自らの責任で業務を処理していること。

【2026年の実務解釈における変化のポイント】
過去においては、客先常駐という物理的な環境下で、発注元からの直接指示や曖昧な勤怠管理が現場レベルで見過ごされるケースもありました。
しかし、2026年現在においては、リモートワークやデジタルツールの普及により、コミュニケーションの履歴がすべてデータとして残るようになっています。

そのため、行政の調査や労働紛争が生じた際には、チャットツール上の発言ログ、タスク管理ツールでのアサイン履歴、オンライン会議の録画データなどが、「指揮命令権がどこにあったか」を示す客観的証拠として扱われます。

企業側は、「発注元からの指示ではなく、受託企業の責任者を通じた適法な体制であったこと」を、論理的かつ客観的に説明できる証拠を整備しておく必要があります。

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第３章：実務への影響を深掘り：企業が直面する３つの経営的課題

法改正や通達の趣旨を深く理解せず、単に契約書の文言だけを書き換えるような表面的な対応にとどまることは、経営上強く危惧される状態です。
現場の業務フローが改善されなければ、実態と契約の乖離はすぐに明らかとなり、企業は以下のような「３つの連鎖的な経営課題」に直面する可能性があります。
これらは発注元だけでなく、エンジニアを雇用するＳＥＳ企業双方にとって甚大な影響を及ぼします。

法的・行政的対応の発生（労働契約申込みみなし制度のリスク）

労働局の調査等により偽装請負と認定された場合、労働者派遣法違反等に基づく行政指導（是正勧告など）を受ける可能性があります。
特に留意すべきは「労働契約申込みみなし制度」です。偽装請負の目的で違法な状態を免脱しようとしたとみなされた場合、発注元が対象のエンジニアに対して直接雇用の申し込みをしたものと法的にみなされる非常に重い制度です。
これに対応するための法務コストや財務的ダメージは計り知れません。

組織体制の不安定化と人事機能の喪失（人材流出）

「所属会社（受注側）のルール」と「常駐先（発注元）の直接指示」が混在する状況は、エンジニアにとって極めて大きなストレスとなります。
誰の指示に従い、誰に評価されるのかが曖昧な環境は、モチベーションの著しい低下を招き、連鎖退職を引き起こします。
また、受注側の企業にとっては、自社の社員に対する指揮権を喪失している状態であるため、計画的な人事異動やスキルアップを目的とした人員配置が不可能となり、長期的には組織の技術力低下を招きます。

企業ブランド・社会的信用の低下（レピュテーションリスク）

コンプライアンス遵守に対する社会的な関心がかつてなく高まる中、不適切な労務管理を行っている企業という客観的事実は、企業ブランドにとって致命的なマイナスに働きます。
特にIT人材の獲得競争が激化する現代において、内部体制に懸念を持たれることは、将来的な採用活動だけでなく、新たなビジネスパートナーとの契約や資金調達等の場面においても不利に働く要素となります。

これらの課題は、日々の労務管理の延長線上に潜んでいます。
したがって、ＳＥＳ契約の適正化は、現場のプロジェクトマネージャー任せにするのではなく、経営層や人事・内部監査部門が主導して取り組むべき「組織開発・内部統制上の最重要テーマ」として位置づける必要があります。

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第４章：企業がとるべき具体的な実務対応（３つのステップ）

適正なガバナンスを効かせ、健全で生産性の高い開発組織を維持するためには、発注元と受注企業（ＳＥＳ企業）の双方が役割と責任範囲を明確に切り分ける必要があります。
具体的には、以下の３つのステップを軸に社内の業務プロセスを再構築してください。

🔷ステップ１：現状の把握と契約内容の詳細な確認

まずは、自社が締結しているＳＥＳ契約書（準委任契約書や基本契約書）に、「指揮命令の独立性」が明確に担保されているかを確認します。
単なるひな形の流用ではなく、実態に即した内容となっているか、以下のポイントを丁寧に点検してください。

• 業務の遂行方法、手順、時間配分について、発注元に指揮命令権がなく、受注側（ＳＥＳ企業）の裁量に完全に委ねられている旨が明記されていること。
• 受注側の責任者（プロジェクトマネージャーや現場リーダーなど、業務遂行を管理する者）が誰であるか明確に選任され、契約書上に氏名や役割が記載されていること。
• 出退勤の時間、休暇の取得、残業の指示等について、発注元ではなく受注側の管理責任者が自らの権限で行う仕組みとなっていること。
• 提供する技術支援の範囲や対象業務（ＳＬＡ：サービスレベルアグリーメント）が可能な限り具体的に定義され、契約外業務の押し付けを防ぐ構造になっていること。

🔷ステップ２：運用ルールの整備とコミュニケーションの客観化

次に、契約上のルールが現場で確実に守られるよう、すべての業務指示プロセスをデジタルデータ等で整備します。
「誰が・誰に・どのように」指示を出したかを客観的に追跡・証明できる体制づくりが不可欠です。

• 業務の依頼や仕様の変更、スケジュールの調整については、発注元の担当者から直接エンジニア個人に伝えるのではなく、必ず「受注側の責任者（リーダー）を経由する」という運用フローを徹底します。
• 発注元からの要件や要望を受け取った受注側の責任者が、それを自社のエンジニアに対してタスクとして割り当て、具体的な手順を指示する形式をとります。
• チャットツール（SlackやTeamsなど）やタスク管理ツール（JiraやRedmineなど）を利用する場合、業務指示に関するチャンネル・チケットには受注側の責任者を必ず参加させ、責任者を宛先（メンション等）として依頼を行うルールを設けます。

🔷ステップ３：定期的な内部監査とフローの継続的改善

一度ルールを決めても、時間が経つにつれて現場の都合やスピード優先の意識から徐々に形骸化していくケースが後を絶ちません。
人事労務部門や内部監査部門は、以下のプロセスを通じて定期的なモニタリングを実施します。

• 四半期ごとなど定期的に、現場のエンジニアやプロジェクトマネージャーにヒアリングを実施し、発注元からの直接指示や、契約外の業務が発生していないかを確認する内部コンプライアンス監査を実行します。
• もし直接指示に近いコミュニケーションが発覚した場合は、現場同士の感情的な対立を避け、直ちに発注元・受注元の双方の管理部門・責任者間で協議の場を設け、連絡ルートの是正を図ります。
• 新たにプロジェクトに参画するメンバー（プロパー社員、ＳＥＳエンジニア双方）に対しては、適法なＳＥＳ契約の運用ルールに関するオンボーディング（初期研修）を必須化し、コンプライアンス意識を組織全体に浸透させます。

なお、遅刻や欠勤に対する注意指導、業務上のミスに対するペナルティの付与などを発注元が直接行うことは、明確な指揮命令（雇用関係に準ずる行為）とみなされるため厳格に禁止し、必ず所属会社の労務担当者を通じて対応する仕組みを徹底してください。

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第５章：専門家が指摘する「アジャイル開発とテレワーク」における留意点

近年のシステム開発において主流となっている「アジャイル開発」や、すっかり定着した「テレワーク」の環境においては、偽装請負のリスクに対する感度をより一層高める必要があります。
なぜなら、これらの手法は「密なコミュニケーション」と「スピード感」を重視するため、発注元と受注側の境界線が自然と曖昧になりやすい構造を持っているからです。

アジャイル開発（特にスクラムなど）では、発注元の担当者（プロダクトオーナーなど）とＳＥＳエンジニアが「一つのチーム」として協働する場面が多くなります。
ここで原則通りの自己判断を下し、「チームなのだから誰が指示を出しても良い」と誤認してしまうことは非常にリスキーです。
実質的に発注元が業務遂行の手段まで介入していると判断されれば、労働者派遣とみなされる要件を意図せず満たしてしまう可能性があります。

また、テレワーク下においては、オフィスで顔を合わせない分、チャットツールによる短文でのやり取りが急増します。発注元がソースコードの細かな修正指示や、タスクの優先順位の変更を、エンジニアの個人チャット宛に直接送信してしまうような「グレーゾーン事例」が頻発しています。

このような現代特有の開発環境においては、画一的な対応で業務を硬直化させるのではなく、個別の業務ごとに「指示の性質（単なる要件定義・要望なのか、具体的な作業手順の命令なのか）」と「裁量の有無」を慎重に切り分ける必要があります。

具体的な解決策として、スクラムのセレモニー（会議）においては、発注元であるプロダクトオーナーは「何を実現してほしいか（What：プロダクトバックログの提示）」の共有にとどめます。
そして、「どのように実現するか（How：スプリントバックログの作成）」や「誰がどのタスクを担当するか（Who：アサイン）」の決定は、ＳＥＳ企業側の責任者（スクラムマスターや開発チーム自身）に一任するという明確な役割分担を設けることが有効です。
この領域は現場ごとの事情が複雑に絡み合うため、必要に応じて労働法に詳しい専門家を交えながら、適法かつ効率的なルールを構築していくことが推奨されます。

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第６章：実務担当者が直面する７つの疑問（Ｑ＆Ａ）

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まとめ：偽装請負対策は「指揮命令の分離マインドセット」が９割

ＳＥＳ契約にまつわる人事労務課題や法的リスクのコントロールは、「事前の緻密な契約準備」と「現場における日々の適切なコミュニケーションフローの維持」にかかっています。
現場の利便性や短期的なスピードだけを追求してルールの境界線を曖昧にすることは、結果的に組織全体のガバナンスを低下させ、人員配置計画の狂いや予期せぬ労務トラブルの原因となります。

万が一、行政からの指導等が入ってから慌てて対応体制を整えようとしても、過去の通信記録や業務実態を遡って修正することは不可能です。
適正な体制が構築されていないという事実は、現代のコンプライアンス社会においては企業の信用を損なう大きな要因となり得ます。

本記事で解説した最新の法的解釈や３つのステップを、ぜひ自社の社内規定、内部監査チェック項目、あるいは人事異動時・受け入れ時の研修プログラムに照らし合わせてみてください。
特に、日々のチャットツールでの指示ルートを見直し、責任者の介在を仕組み化することが、最も確実かつ効果的な第一歩となります。

正しい法令知識に基づいた客観的な運用プロセスを構築することは、企業を予期せぬリスクから守るだけでなく、エンジニア一人ひとりが安心して技術力を発揮できる、心理的安全性の高い組織風土を作り上げるための強固な基盤となります。
適正なＳＥＳ契約の運用を通じて、健全な人事マネジメントと持続可能な企業成長を実現していきましょう。